提取胶原蛋白废水处理的难点主要包括以下几个方面：

一、废水成分复杂且多变

胶原蛋白的提取过程中会产生大量含有高浓度有机物、无机盐、蛋白质残留及微生物污染物的废水。这些成分不仅复杂，而且含量较高，增加了废水处理的难度。同时，废水成分还可能因提取工艺、原料来源等因素而发生变化，使得废水处理过程更加复杂。

二、高化学需氧量（COD）和高生物需氧量（BOD）

废水中含有大量未被完全利用或降解的有机物，导致COD和BOD值偏高。高COD/BOD值不仅影响水体自净能力，还增加了废水处理的难度和成本。需要采用有效的生物处理或物理化学方法，将有机物降解为无害物质，以满足排放标准。

三、高氨氮含量

蛋白质在降解过程中会产生大量氨氮，对水生生态系统构成威胁。氨氮的去除需要采用特定的生物或化学方法，如硝化-反硝化工艺等。然而，这些方法的实施需要严格控制反应条件，如温度、pH值、溶解氧等，增加了废水处理的难度和复杂性。

四、悬浮物与色度高

废水中的蛋白质、脂肪等悬浮物以及某些色素物质使得废水浑浊且颜色深重。这些悬浮物和色素不仅影响废水的感官质量，还可能对后续处理设施造成堵塞或损害。因此，需要采用混凝沉淀、气浮等预处理工艺，将悬浮物和色素去除或降低至可接受的水平。

五、微生物污染

提取过程中可能引入的微生物在废水中繁殖，进一步加剧水质恶化。这些微生物的存在不仅影响废水处理效果，还可能对处理设施造成损害。需要采用有效的消毒或灭菌方法，将微生物数量控制在可接受的水平内。

六、处理工艺选择与优化

鉴于胶原蛋白废水的复杂性，单一处理方法往往难以达到理想的处理效果。因此，需要采用物理法、化学法与生物法相结合的组合工艺。然而，组合工艺的选择和优化需要考虑到废水的具体成分、处理目标、经济成本等多个因素。同时，还需要对处理工艺进行不断的优化和调整，以适应废水成分的变化和处理要求的提高。

综上所述，提取胶原蛋白废水处理的难点涉及废水成分复杂多变、高COD/BOD值、高氨氮含量、悬浮物与色度高、微生物污染以及处理工艺选择与优化等多个方面。为了解决这些难点，需要采用先进的废水处理技术和管理方法，加强废水处理过程的监测和控制，确保废水处理效果达到相关标准和要求。