消毒方法包括氯消毒、氯胺消毒、二氧化氯消毒、臭氧消毒、紫外线消毒，也可采用上述方法的组合。此外还有电场消毒、固相接触消毒、超声波消毒、光催化氧化消毒等新型消毒方法。

常用的消毒方式及优缺点如下：

液氯优点：1、具有持续得到消毒作用；

2、价值成本较低；

3、操作简单，投量准确；

4、不需要庞大的设备；

液氯缺点：1、原水有机物高时会产生有机氯化物；

2、原水中含酚时产生氯酚味；

3、氯气有毒需设置泄氯中和装置，管理较复杂。

漂白粉优点：1、具有持续的消毒作用；

2、投加设备简单；

3、价格低廉；

4、漂粉精含有氯达60%~70%，使用方便；

漂粉精缺点：1、同液氯，将产生有机氯化物和氯酚味；

2、易受光、热、潮气作用而分解失效，须注意贮存；

3、漂白粉的溶解及调制不便；

4、漂白粉含氯量只有 20%~30%，用量大，设备容积大。

次氯酸钠优点：1、具有持续的消毒作用；

2、操作简单，比投加液氯安全、方便。

次氯酸钠缺点：1、使用成本较液氯高，但比漂白粉低；

2、易挥发分解，不宜久贮，若无成品货源需现场制备；

氯胺优点：1、能减低三卤甲烷和氯酚的产生；

2、能延长管网中剩余氯的持续时间，抑制细菌生成；

3、减轻液氯消毒时所产生的氯酚味或减低氯味。

氯胺缺点：1、消毒作用比液氯慢，需较长接触时间；

2、氯气有毒需设置泄氯中和装置，氨气对消防及环境要求高，管理较复杂。

二氧化氯优点：1、不会生成有机氯化物；

2、杀菌效果较自由氯好；

3、具有强烈的氧化作用，可除臭、去色、氧化锰、铁等物质；

4、投加量少，接触时间短，余氯保持时间长；

二氧化氯缺点：1、成本较高；

2、一般需现场随时制取使用，制取设备较复杂；

3、需控制氯酸盐和亚氯酸盐等副产物；

4、贮存及制备场所对消防及环境要求高，管理较复杂。

臭氧优点：1、具有强氧化能力、为最活跃的氧化剂之一，对微生物、病毒、芽孢等均具有杀伤力。消毒效果好，接触时间短；

2、能除臭、去色，及去除铁、锰等物质；

3、能除酚、无氯酚味；

4、不会生成有机氯化物。

臭氧缺点：1、基建投资大、经常电耗高，制水成本高；

2、臭氧在水中不稳定，易挥发，无持续消毒作用；

3、设备复杂，管理麻烦。

紫外线优点1、杀菌效率高，需要的接触时间短；

2、不改变水的物理、化学性质，不会生成有机氯化物和氨酚味；

3、已具有成套设备，操作方便。

紫外线缺点：1、没有持续的消毒作用，易受重复污染；

2、电耗较高，灯管寿命有待提高。