尽管 BAF工艺已发展出诸多形式，但其对自动控制的基本要求是一致的。

（1）保证进水的水量和均匀：由于 BAF工艺常常是多个池并联工作，这就存在着每个被池的进水水悬是否大致相同，污水中每个滤池中的停留时间和上升流速是否合理的问题，因此需要由控制系统监控每个滤池的进水水量。当滤池间的进水水量出现偏差时，能够及时让管理人员知道，甚至能够做到自动调节各进水支管的流量，保证污水在每个滤池内的停留时间大致相同，最低要求也要能监控进水总管的流量，以明确系统目前的运行状态。

（2）保证工艺曝气的均匀：BAF工艺的工艺曝气管道布置在板上方的托层内，上方是几米高的滤料层，导致曝气器上方阻力变化的因素多，易出现曝气不均匀的现象，一旦出现，维修起来也很困难。因此能够通过自控系统及时监控每个滤池曝气管道的风量，并找到一种最简单的解决曝气不均匀现象的方法，就成了 BAF 工艺控制的一个重要任务。

（3） BAF 反冲洗的控制：由于 BAF 工艺常常是多个滤池并联工作，而反冲洗采用的水泵和风机的共用一套，因此控制系统必须能准确地了解到多个滤池中有哪个或是哪几个滤池需要进行反冲洗，将这些需要反冲的滤池排队，及时准确地切换滤池上各阀门的开关，同时将处于反冲洗状态的滤池进水量分配至其他工作滤池，以正常工作的每个滤池的进水不发生大的变化为原则。在反冲结束时再将阀门切换回来。

（4）保证反冲洗时适当的水量和气量：反冲洗时的水量和气量决定了反冲洗后BAF滤料上的生物膜厚度。若反冲洗水量和气量不够，则不能将滤料间截留的悬浮物质彻底清除掉，使滤料的截污能力下降，下一次反冲洗周期变短。反冲洗水量和气量过大，在冲走滤料间无机杂质的同时，也会使附着在滤料上的生物膜因过度冲剧而流失，导致下一周期开始时的一段时间内滤池去除效率下降。

  目前 BAF 这样的新型工艺，可参看的实际经验还不多，设计的数据也不十分精确，这样就需要在运行过程中通过自控系统调整各个控制参数，以便得到更好的处理效果。