去除磷的方法有两种，分别为借助药剂和不借助药剂。借助药剂的方法是将铝盐或铁盐等金属直接加入污水中或二级处理水中，令磷与金属盐发生反应而达到除磷的目的。混凝沉淀法是在过去通常使用的借助药剂的方法。近些年又开发了一种除磷的晶析法，即接触除磷法，此方法既能除去污水中的有机物以后能除去污水中的磷化合物。与借助药剂的除磷方法相比，利用生物反应的方法除磷就减少了成本，被称为生物除磷法。因此，去除磷的方法又可以分为生物学处理法与物理化学处理法。药剂法对磷的去除率相对较高，但其缺点是由于应用了化学剂增加了成本，并且会产生大量的污泥。因此如今的生物除磷法和生物化学同时除磷的方法已经代替了从前单一的混凝沉淀除磷法。

  厌氧好氧法：在厌氧状态下放出磷，在好氧状态下摄取磷。优点是可利用原有的设备设施，无需添加剂。缺点：比物流化学法除磷的能力低，活性污染可蓄积的磷量有限，需要管理污泥量。

  Phostrip除磷法：组合了厌氧法、好氧法和化学除磷法的方法。优点：磷浓缩时添加少量石灰，可以经济的除磷。除磷的能力教稳定。缺点：必须添加脱磷设备。

生物化学同时除磷法：在曝气槽中添加混凝剂同时去除有机物和化合物的方法。优点：可利用原有的设备设施，除磷的能力教稳定。缺点：产生大量污泥，若原水磷浓度高就要提混凝剂的添加量，有影响生物相的危险性。

  混凝沉淀法：向污水或二级处理水中添加混凝剂，将磷化化合物沉淀除磷的方法。优点：除磷的能力高。缺点是：需要增添新的设备。产生的污泥量多。药剂等陈本费高。

  晶析除磷法：利用磷酸离子、钙离子及氢氧离子的反应，生成羟基磷灰石的晶析实现去除磷的方法。优点：产生的污泥量少。较混凝沉淀方法的成本低。除磷的能力教稳定。缺点：需要增添新的设备。需要设脱碳酸槽、砂滤过滤等事先处理。